El método quirúrgico más empleado entre las doce semanas de embarazo es el aborto por aspiración. Consiste en la remoción del feto o embrión por succión usando una jeringa manual o una bomba eléctrica de aspiración. La aspiración manual es llamada también minisucción o extracción menstrual, se aplica sólo durante las primeras semanas y no requiere dilatación cervical. Para estas primeras semanas se habla de interrupción del embarazo más que de aborto. A partir de la semana décimo quinta y hasta la vigésimo sexta se requiere dilatación cervical y manipulación quirúrgica, además de succión.
El método de dilatación y raspado, es un método general que es empleado también durante el examen médico para tomar muestras o la detección de cánceres. Es también conocido como nacimiento parcial, suele hacerse entre la sexta y la décimo cuarta semana. La Organización Mundial de la Salud recomienda que este método no se use salvo cuando la aspiración manual no es factible y de hecho su uso es poco frecuente.
En estadios avanzados de la gestación, si se ha de practicar un aborto por razones terapéuticas, se usan otros procedimientos adecuados al mayor desarrollo del feto. Se puede provocar el parto prematuro usando prostaglandinas normalmente a la vez que se inyecta suero salino o urea en el líquido amniótico. En los casos más avanzados se usan técnicas excepcionales, como la llamada de dilatación y extracción intacta, que requiere dos o tres días de preparación para asegurar la dilatación cervical necesaria y fármacos que inducen el parto. El médico manipula el feto para hacer salir primero sus piernas hasta dejar dentro sólo la cabeza, si así es necesario. Por último se vacía el encéfalo por succión después de practicar una incisión en la base del cráneo. Esta técnica, que es polémica, es usada en menos de la sexta parte de los abortos tardíos practicados en Estados Unidos.
Cuando la gestación está muy avanzada se empieza por provocar la párada cardiaca del feto mediante una inyección.
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